Valentino Rossi đã giành pole sau vòng đua phân hạng, thế nhưng màn đề pa không tốt đã khiến anh tụt xuống vị trí thứ ba sau cả Jorge Lorenzo và Marc Marquez. Những nỗ lực tấn công không biết mệt mỏi của tay đua người Ý đã giúp anh vượt qua người đồng đội Lorenzo.
Khi rất nhiều người đang trông chờ một sự cạnh tranh quyết liệt giữa The Doctor và Marc Marquez thì tay đua 37 tuổi của đội Movistar Yamaha bất ngờ trượt khỏi đường đua và rồi chấp nhận bỏ cuộc.
Sau khi chặng đua tại Motegi kết thúc, Rossi đã thừa nhận tai nạn là do sai lầm của bản thân: "Trước hết tôi muốn xác nhận rằng bản thân 'ổn', và may mắn không gặp thêm vấn đề (chấn thương) gì. Mặt khác, tai nạn này là một sự xấu hổ vì tôi đã nôn nóng trong khi tốc độ quá nhanh. Thật không may, tôi đã có sự khởi đầu không tốt và bị tụt lại sau Marquez và Lorenzo. Sau đó Marquez đã nhanh hơn một chút để vượt qua Lorenzo, tôi đã mất nhiều thời gian hơn để làm được điều đó. Tôi đã có một tốc độ khá tốt và còn nhiều cơ hội cạnh tranh với Marquez nhưng cuối cùng bánh xe trước của tôi bị trượt. Tôi cảm thấy mình không vào cua quá rộng hay quá nhanh nhưng dù gì đó cũng là sai lầm của bản thân."
Với việc cả hai tay đua của đội Movistar Yamaha đều không có điểm sau những sự cố đáng tiếc ở chặng đua Nhật Bản, Marc Marquez đã dễ dàng về nhất ở trường đua Motegi và chính thức vô địch MotoGP mùa giải 2016 dù rằng còn ba chặng đua phía trước.