Cuối năm 2016, Tuấn Anh đến Singapore thực hiện ca phẫu thuật để chữa trị dứt điểm chấn thương đầu gối. Ca phẫu thuật đã thành công tốt đẹp và các bác sĩ tại đây cho biết chỉ cần nghỉ ngơi khoảng 6 tuần, chân chuyền người Thái Bình sẽ có thể trở lại tập luyện với bóng. Họ cũng tạo ra 1 phác đồ điều trị chi tiết cho Tuấn Anh.
Được biết, Tuấn Anh vẫn được phép nghỉ ngơi bên gia đình nhiều hơn những đồng đội khác, nhưng do nóng lòng sớm trở lại sân cỏ nên cầu thủ sinh năm 1995 này đã có mặt tại Hàm Rồng đúng lịch trình hội quân cùng đội bóng.
Theo tiết lộ của bác sĩ HAGL, Tuấn Anh đã bắt đầu tập luyện với bóng sau Tết Đinh Dậu. Tiền vệ gốc Thái Bình đã bắt đầu bài tập thể lực chạy bộ thoải mái cùng các đồng đội ngay trong buổi tập đầu xuân năm mới.
Mặc dù nhận nhiều tín hiệu tích cực, ban lãnh đạo và đội ngũ nhân viên y tế tại HAGL vẫn dành cho chân sút người Thái Bình phác đồ điều trị chấn thương đặc biệt khác, có nhiều điểm khác biệt với phác đồ của bác sỹ Singapore. Theo đó, Tuấn Anh sẽ tiếp tục được nghỉ ngơi thêm 4 tuần trước khi tập luyện trở lại cùng các đồng đội. Điều này được chính Bầu Đức yêu cầu các bác sỹ thực hiện để giúp Tuấn Anh thực sự bình phục, theo lời của Trưởng đoàn HAGL Nguyễn Tấn Anh.
Như vậy, Tuấn Anh sẽ chỉ trở lại sau tổng cộng 10 tuần sau khi phẫu thuật, tức là vào khoảng cuối tháng 3/2017. Với quyết định này, bầu Đức chấp nhận việc HAGL gặp nhiều khó khăn tại V-League 2017 để Tuấn Anh hoàn toàn bình phục chấn thương.