Hồi tháng 5/2015, Ben Nguyễn có màn ra mắt hạng Flyweight UFC suôn sẻ bằng thắng lợi TKO trước Alp Ozkilic. 4 lần thượng đài sau đó, võ sĩ gốc Việt giành đến 3 chiến thắng. Trong đó, nổi bật nhất là thắng lợi thuyết phục chỉ sau 49 giây trước Tim Elliott ở sự kiện UFC Fight Night 110.
Tuy vậy, 2 trận thua liên tiếp trước Jussier Fromiga (UFC 221) và Wilson Reis (UFC Fight Night 142) đã ảnh hưởng nặng nề đến sự nghiệp của Ben Nguyễn. Thành tích bết bát cùng tin đồn chủ tịch Dana White muốn "xóa sổ" hạng Flyweight khiến tương lai của võ sĩ gốc Việt thêm phần u tối.
Điều gì đến cuối cùng cũng đã đến, khi Ben Nguyễn vừa xác nhận việc UFC chấm dứt hợp đồng với mình. "Một hành trình tuyệt vời với tôi cùng UFC. Cảm ơn tất cả những người đã ủng hộ tôi từ những ngày đầu tiên tôi đặt mục tiêu thi đấu ở UFC. Đây là một trong những môn thể thao khắc nghiệt nhất thế giới, và cũng như mọi môn khác, chúng ta đều trải qua những thăng trầm. Thật không may, khoảng trầm của tôi là bị UFC chấm dứt hợp đồng.
"Có thể tôi không còn cơ hội tranh đai tại UFC, song tôi vô cùng biết ơn vì có cơ hội thi đấu ở UFC và đứng chung sàn đấu với rất nhiều võ sỹ Flyweight xuất sắc khác. Trong suốt quãng thời gian ở UFC, tôi đã gặp rất nhiều con người tuyệt vời và kết bạn với nhiều người ở đó. Đó là những kỷ niệm mà tôi sẽ mãi mãi trân trọng. Tôi sẽ hướng đến năm 2019 và tìm kiếm những cơ hội mới,” Ben Nguyễn chia sẻ trên facebook cá nhân.