Kết thúc V-League 2015, Công Phượng chia tay Hoàng Anh Gia Lai để gia nhập đội bóng đang chơi ở J-League 2 - Mito Hollyhock. Với những gì đã thể hiện trong màu áo U19 Việt Nam, cùng cơ hội đến thi đấu ở một nền bóng đá phát triển châu lục, Công Phượng được đặt rất nhiều kỳ vọng về một sự tiến bộ vượt bậc.
Đang rất tự tin hướng đến một mùa giải mới cùng Mito Hollyhock, Công Phượng đã đối diện với thách thức vì chấn thương. Cụ thể, tiền đạo người Nghệ An bị gãy xương đòn vai trong trận đấu cuối cùng vòng bảng U23 châu Á giữa U21 Việt Nam với U21 UAE.
Chấn thương này đã khiến Công Phượng bỏ lỡ giai đoạn tập trung, chuẩn bị cho mùa giải cùng Mito Hollyhock. Trở lại sau chấn thương, Công Phượng không thể bắt kịp với lối chơi chung của các đồng đội tại câu lạc bộ mới. Theo thống kê, Phượng chỉ được thi đấu khoảng 6 phút cho Mito Hollyhock trước khi quay trở lại tập trung cùng ĐT Việt Nam hồi tháng 5/2016.
Nói về sự đi xuống của bản thân, Công Phượng lý giải: “Sau quãng thời gian điều trị chấn thương gãy vai, tôi vẫn còn chút cảm giác sợ khi phải va chạm mạnh. Chấn thương đã khiến tôi mất một khoảng thời gian dài, vì thế bản thân tôi thấy chưa đủ thể lực để thi đấu ở J-League 2.”
Trong số 3 cầu thủ xuất ngoại thi đấu, Công Phượng tỏ ra lép vế so với Tuấn Anh hay Xuân Trường. Không được trao nhiều cơ hội tại CLB, nhưng bộ đôi tiền vệ này lại chứng tỏ được khả năng trong màu áo ĐT Việt Nam. Trong khi Xuân Trường, Tuấn Anh liên tục tỏa sáng ở các trận giao hữu, vòng loại World Cup 2018 hay giải Tứ hùng trên đất Myanmar thì Công Phượng lại thường xuyên làm bạn với băng ghế dự bị vì phong độ đi xuống và chấn thương hành hạ.
Thất bại toàn diện ở Mito Hollyhock, Công Phượng lấy AFF Cup 2016 là cột mốc để phấn đấu. Luôn nỗ lực trong các buổi tập, thi đấu hết mình mỗi khi được trao cơ hội, nhưng dường như mọi chuyện đang chống lại cầu thủ sinh năm 1995. Trận cuối vòng bảng giữa Việt Nam và Campuchia, chiếc thẻ đỏ của Đình Luật đã dập tắt đi hy vọng của Công Phượng. Gần 10 phút có mặt trên sân không thể giúp Phượng chứng tỏ được nhiều, anh lầm lũi rời sân, nhường cơ hội cho Tiến Dũng.
VCK AFF Cup 2016 là giải đấu thất bại của tuyển Việt Nam cũng như Công Phượng, nhưng sẽ ít người trách tiền đạo này vì anh không được trao nhiều cơ hội. Tuy nhiên, đỉnh điểm của thất vọng nằm ở giải U21 Quốc tế 2016.
Trở lại khoác áo U21 HAGL, được sát cánh cùng đồng đội cũ, được huấn luyện bởi HLV Guillaume Graechen, người quá hiểu Công Phượng, nhưng tiền đạo này tiếp tục cho thấy, anh cần thêm thời gian để tìm lại cảm hứng thi đấu. Đúng như chuyên gia Nguyễn Thành Vinh nhận xét, dự bị quá lâu đã khiến Công Phượng đánh mất cảm giác bóng cũng như sự tự tin. Dù được trở lại với đội bóng đưa mình lên đỉnh cao, nhưng Phượng cần thêm thời gian, cần thêm cơ hội thi đấu. Như vậy, bản năng săn bàn mới trở lại với tài năng này.
Bầu Đức đã rất sáng suốt khi đưa Công Phượng và Tuấn Anh trở về khoác áo HAGL chinh chiến tại V-League 2017. Tuổi đời còn rất trẻ cùng khả năng đã được công nhận, điều Công Phượng cần là nỗ lực tối đa, chiến thắng chính bản thân để trở lại, cùng đồng đội hướng đến mục tiêu, chinh phúc tấm HCV SEA Games 2017 trên đất Malaysia vào tháng 8.