Trước đó, Lê Nguyễn từng có thời gian thi đấu tại V-League từ năm 2009 đến năm 2011 trong màu áo của câu lạc bộ HAGL và Becamex Bình Dương. Trong khoảng thời gian này, tiền vệ 31 tuổi đã có tổng cộng 23 bàn thắng cho hai đội bóng của Việt Nam. Chia tay V-League, cầu thủ gốc Việt này trở về Mỹ và đi vào lịch sử CLB New England Revolution khi lọt vào top 5 cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất lịch sử đội bóng này.
Dù vậy, cựu cầu thủ PSV Eindhoven, Hoàng Anh Gia Lai và Becamex Bình Dương khẳng định vẫn muốn được quay trở lại thi đấu tại V-League và đối đầu với những cầu thủ cũng thi đấu rất kỹ thuật khác mà anh ấn tượng là Công Phượng, Văn Quyết, Thanh Lương.
Nói về quãng thời gian chơi bóng ở Việt Nam cũng như tương lai của mình Lee Nguyễn cho biết: "Tôi nhớ đó là trận đấu HAGL gặp Hà Nội tại V-League. Khán giả đến sân rất đông, mặt sân đẹp và cầu thủ hai đội rượt đuổi tỉ số kịch tính. Tôi ấn tượng mạnh với hai cầu thủ số 10 của HAGL và số 11 của Hà Nội T&T. Về đây hỏi bạn bè mới biết một người là Thành Lương, hình như tôi từng có dịp đối đầu với cậu ấy. Người còn lại hóa ra là Công Phượng, nhân vật mà báo chí Việt Nam nhắc đến rất nhiều nhất trong những năm trở lại đây.
Thật thú vị nếu được đối đầu với tài năng trẻ mà tôi có lẽ từng chạm mặt khi còn chơi cho HAGL. Tôi hy vọng 2 năm nữa sẽ khép lại sự nghiệp đỉnh cao tại Việt Nam và vẫn có cơ hội so tài với Thành Lương, Công Phượng. V-League và khán giả Việt Nam vẫn có một sức hấp dẫn trong tâm trí tôi. Nếu có thể trở lại thi đấu đỉnh cao thêm vài năm cũng là một lựa chọn tốt, dù đã có một vài CLB ở Thái Lan đặt vấn đề với tôi.”
Được biết, trong thời gian gần đây truyền thông Việt Nam đã nói nhiều đến việc CLB FLC Thanh Hóa muốn có chữ ký của Lee Nguyễn. Trả lời vấn đề này tiền vệ Lee Nguyễn cho hay: “ Tôi vẫn còn hợp đồng với New England Revolution đến hết năm 2018 và sẽ tôn trọng hợp đồng. Người Mỹ làm việc cực kỳ nguyên tắc, không có chuyện anh "tỏ thái độ" để đòi được ra đi sớm mà họ nhượng bộ. Các CLB đều có những ràng buộc bằng những khoản đền bù cực lớn. Tôi còn đá đến năm 2019, tức nếu muốn ra đi thì hết mùa 2018 mới được phép đặt vấn đề này với New England Revolution. Việc trở về Việt Nam chơi bóng tôi nghĩ mình cần có khoảng thời gian cần thiết ở cuối sự nghiệp của mình.”