Lewis Hamilton đã thiếu tập trung dẫn đến mắc lỗi ở khâu xuất phát và tụt xuống vị trí thứ tám ở vòng đầu tiên. Ngược lại là người đồng đội Nico Rosberg, với lợi thế giành pole, tay đua người Đức ung dung dẫn đầu đoàn đua.
Bị tụt sâu, nhưng với bản lĩnh của nhà đương kim vô địch cùng sự hỗ trợ đắc lực từ đội ngũ kỹ thuật và ban huấn luyện đã giúp Hamilton dần vượt lên. Với chiến thuật vào pit muộn, tay đua người Anh giành được vị trí thứ tư sau vòng 15. Những tưởng khoảng cách gần 14 giây với xe thứ ba là quá lớn, nhưng một lần nữa các khán giá ở trường đua Suzuka lại được thấy màn vượt lên thần kỳ của nhà vô địch F1 2015.
Liên tục lập fastest-lap, chiếc W07 rút ngắn khoảng cách với Sebastian Vettel chỉ còn 4 giây. Một chút sai lầm chiến thuật của đội đua Ferrari đã giúp cho tay đua người Anh vào top 3 ở vòng 34.
Dù vậy đó là tất cả những gì mà Hamilton có thể làm được, dù sau đó bằng lợi thế động cơ, tay đua của đội Mercedes đã rất gần với vị trí thứ hai. Nhưng sự khôn ngoan của Max Verstappen đã không cho kỳ tích xảy ra.
Trong khi đó với lợi thế xuất phát đầu cùng màn khởi động hoàn hảo giúp Nico Rosberg dễ dàng cán đích đầu tiên mà không gặp quá nhiều sự cạnh tranh. Chung cuộc tay đua 31 tuổi người Đức về nhất ở Nhật Bản Grand Prix 2016 với thành tích 1 giờ 26 phút 43,333 giây. Với chiến thắng này, Rosberg đã rất gần với ngôi vô địch mùa này khi chỉ còn 4 chặng đua phía trước.
Cùng với đó đội đua Mercedes cũng chính thức bảo vệ thành công chức vô địch mùa giải F1 2016 nội dung đồng đội với 593 điểm hơn đội đang đứng thứ nhì là Red Bull tới 208 điểm.