Dựa vào danh sách tham dự giải của các đội bóng gửi về VFF, BTC đã chia 24 đội vào 4 bảng cụ thể như sau:
Theo đó, ở bảng A sẽ có 6 đội gồm: Hà Nội, Công An Nhân Dân, Viettel, Quảng Ninh, Hải Phòng và chủ nhà Thừa Thiên Huế. Các đội sẽ thi đấu trên sân vận động Tự Do, sân nhà của Huế FC đang thi đấu ở giải hạng nhất.
Vòng loại U17 Quốc gia sẽ khởi tranh vào ngày 25/5 tới.
Trong khi đó tại bảng B, do Công ty cổ phần thể thao SHB Đà Nẵng đăng cai tổ chức sẽ có 6 đội tham dự gồm: chủ nhà SHB Đà Nẵng, Nam Định, Thanh Hoá, Sông Lam Nghệ An, Hà Tĩnh và Bình Định. Đây sẽ là cơ hội để hai lò đào tạo danh tiếng nhiều năm trước ở miền trung là Đà Nẵng và SLNA lấy lại danh dự và giành vé tham dự VCK khi những đối thủ còn lại là không quá mạnh
Bảng C sẽ thi đấu tại sân vận động Pleiku tỉnh Gia Lai với sự góp mặt của Hoàng Anh Gia Lai, Khánh Hoà, Đăk Lăk, Đồng Nai, Bình Phước, Tây Ninh. Ở bảng đấu này, nếu không có bất ngờ gì thì hai chiếc vé đầu tiên tham dự VCK sẽ thuộc về hai đội có sức mạnh vượt trội là U17 HAGL và U17 Khánh Hòa.
U17 Đồng Tháp đã lên ngôi vô địch năm 2016.
Còn lại PVF, Long An, Tiền Giang, Vĩnh Long, Đồng Tháp và Cần Thơ sẽ nằm ở bảng D. Bảng đấu này sẽ do PVF đăng cai tổ chức.
Các đội sẽ thi đấu hai lượt đi và và về để chọn ra 4 đội xếp thứ nhất, 4 đội xếp thứ nhì và 3 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất ở bốn bảng đề cùng chủ nhà U17 TP. HCM tham dự VCK năm nay.
Vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 25/5 đến ngày 16/6/2017 để chọn ra 11 đội có mặt tại TP. HCM để tham dự VCK vào tháng 7 sắp tới.
