Thời tiết trong ngày đua chính ở Motegi là vô cùng thuận lợi cho những cuộc bứt phá. Điều đó thể hiện ngay ở những vòng đua đầu tiên.
Ngay khi xuất phát, Jorge Lorenzo đã có pha đề ba hoàn hảo để vươn lên dẫn đầu đoàn đua, trong khi người giành pole chặng này là Valentino Rossi lại bị tụt xuống vị trí thứ ba sau cả Marc Marquez. Ở hai vòng đua kế tiếp, Rossi liên tục có những tình huống tấn công vào vị trí thứ hai của Marquez nhưng sau mỗi lần bị tụt lại, tay đua người Tây Ban Nha lại bình tĩnh để lấy lại vị trí của mình. Không những thế tay đua 23 tuổi của đội Repsol Honda còn tận dụng tốt cơ hội để chiếm luôn vị trí dẫn đầu từ tay Jorge Lorenzo ở vòng thứ tư.
Sau đó dường như là một màn độc diễn của nhà vô địch thế giới hai năm liên tiếp (mùa giải MotoGP 2013 và 2014). Đã có những hy vọng về một cuộc lật đổ sau khi Valentino Rossi vượt qua Lorenzo ở vòng thứ sáu. Nhưng mọi thứ chấm dứt với The Doctor tại chặng đua Nhật Bản năm nay khi tay đua người Ý mất kiểm soát tay lái và trượt ngã ở vòng thứ 10 rồi bỏ cuộc.
Mọi chuyện càng trở nên tồi tệ hơn với đội đua Movistar Yamaha khi hy vọng số một của họ ở mùa giải năm nay cũng nối tiếp người đồng đội gặp nạn ở vòng 20.
Không chịu quá nhiều sự cạnh tranh, Marc Marquez dễ dàng cán đích ở vị trí số một. Người xếp sau tay đua người Tây Ban Nha là Andrea Dovizioso, vị trí còn lại trên bục podium là Maverick Vinales.
Cũng với chiến thắng này, Marquez đã chính thức đăng quang mùa giải MotoGP 2016 dù rằng còn ba chặng đua phía trước. Đây là lần thứ ba tay đua số 93 vô địch nội dung MotoGP dù mới chỉ 23 tuổi. Mọi thứ càng trở nên ý nghĩa nếu biết rằng đây còn là năm kỷ niệm mùa thứ 50 nhà sản xuất Honda tham gia giải MotoGP.